|
|
Architektura regulační sítě metabolismu
Geryk, Jan ; Flegr, Jaroslav (vedoucí práce) ; Cvrčková, Fatima (oponent) ; Šafránek, David (oponent)
Předkládaná disertační práce se zabývá modularitou metabolických sítí a především architekturou regulační sítě metabolismu, která reprezentuje přímé regulační interakce mezi metabolity a enzymy. V první práci se zabývám problematikou tzv. "modularity measure", což je kvantitativní míra modularity sítě používaná pro účely identifikace modulů. Bylo zjištěno, že při maximalizaci této veličiny v síti může dojít k chybnému sloučení dvou jednoznačne vyjádřených modulů v jeden. Maximální velikost modulu u kterého existuje riziko, že je tvořen dvěma moduly je známa jako rozlišovací limit modularity measure. V mé první práci je tento rozlišovací limit zobecněn, což umožňuje nahlédnout jeho podstatu v použití nulového modelu. Zároveň je zde ukázáno, že riziko chybného sloučení existuje i v případě větších modulů, než bylo uváděno v původní práci. Druhá práce je zaměřena na otázku, jak se změní modularita metabolické sítě E.coli po přidání regulačních vazeb. Bylo zde ukázáno, že modularita mírně nicméně signifikantně vzroste, zaměříme-li se na modulární jádro sítě. Identifikované moduly jsou funkčně interpretovatelné jako regulačně autonomí části metabolismu. Zvýšení modularity vzhledem k nulovému modelu lze považovat za nepřímý důsledek potřeby lokální regulace některých částí metabolické sítě. Vznik...
|
|
|
Architektura regulační sítě metabolismu
Geryk, Jan ; Flegr, Jaroslav (vedoucí práce) ; Cvrčková, Fatima (oponent) ; Šafránek, David (oponent)
Předkládaná disertační práce se zabývá modularitou metabolických sítí a především architekturou regulační sítě metabolismu, která reprezentuje přímé regulační interakce mezi metabolity a enzymy. V první práci se zabývám problematikou tzv. "modularity measure", což je kvantitativní míra modularity sítě používaná pro účely identifikace modulů. Bylo zjištěno, že při maximalizaci této veličiny v síti může dojít k chybnému sloučení dvou jednoznačne vyjádřených modulů v jeden. Maximální velikost modulu u kterého existuje riziko, že je tvořen dvěma moduly je známa jako rozlišovací limit modularity measure. V mé první práci je tento rozlišovací limit zobecněn, což umožňuje nahlédnout jeho podstatu v použití nulového modelu. Zároveň je zde ukázáno, že riziko chybného sloučení existuje i v případě větších modulů, než bylo uváděno v původní práci. Druhá práce je zaměřena na otázku, jak se změní modularita metabolické sítě E.coli po přidání regulačních vazeb. Bylo zde ukázáno, že modularita mírně nicméně signifikantně vzroste, zaměříme-li se na modulární jádro sítě. Identifikované moduly jsou funkčně interpretovatelné jako regulačně autonomí části metabolismu. Zvýšení modularity vzhledem k nulovému modelu lze považovat za nepřímý důsledek potřeby lokální regulace některých částí metabolické sítě. Vznik...
|
host ::
RSS.